Hola Nacho.
Una opción sería utilizar el Parallel Computing Toolbox de MATLAB, desde luego en caso de tenerlo instalado.
Si no, existe una opción más "austera" y menos robusta, que consiste en utilizar threads Java, esto puede resultar un poco incómodo o requerir más tiempo de desarrollo, pero funciona para la mayoría de los casos probablemente. Eso sí, debes conocer un poco del lenguaje Java y la implementación de hilos en este lenguaje. Te dejo una valiosa referencia para lo que te mencionado anteriormente:
http://undocumentedmatlab.com/blog/explicit-multi-threading-in-matlab-part1
Saludos.
Jorge De Los Santos.