Para graficar el perfil de intensidad sobre una línea puedes usar la función
improfile. En el llnk puedes leer la documentación de esta función, te dicen cómo sirve, cómo usarla y hay ejemplos también.
Para hacerlo con una imagen puedes usar el código siguiente. Primero lees la imagen con imread y luego utilizas improfile como lo indica la documentación de matlab. En este caso xi y yi son vectores de la misma longitud que indican las coordenadas de la línea (o segmentos de línea) en la cual quieres ver el perfil de intensidad.
Como quieres hacerlo en una línea horizontal, los dos valores en yi deben ser iguales y estar entre el número de filas de la imagen. y los valores en xi recorren la línea y estar entre el número de columnas de la imagen.
Para hacerlo con varias imágenes, puedes utilizar un for, y la lectura de ellas pues depende, si estas tienen un número serial podrías hacer algo como:
y para accedes a cada foto usas fotos{1}, fotos{2} y así.