Video = VideoWriter('nombre_de_archivo');
myVideo.FrameRate = 10; %lo puedes variar dependiendo cuantos cuadros por segundo quieras
open(Video)
{aquí va
el resto de tu
código de interés,
lo que quieres que
se grabe en el avi
}
frame = getframe(gcf); %aquí copia lo que se dibuja
writeVideo(Video, frame); %aquí lo guarda
close(Video) %cierra el loop