(1) para mí son lo mismo: mandos, mandatos o comandos; la diferencia que veo es que comandos es una palabra que es la adecuada usada en inglés y que se aceptó en español; por ejp: a inicios del siglo no existía en el español la palabra control pero terminó por introducirse [del inglés] y hoy es de lo más normal
(2) pero quizás estés hablando de lo que es comando interno y comando externo que sí hay una diferencia; (A) un comando externo es cuando das una orden en la línea del Msdos que por ejp. activa un programa llamado Calculadora y que lo tienes en algún lugar de tu computor con el nombre Calculadora.Exe; (B) un comando interno es cuando ese comando lo va a ejecutar otro programa con nombre distino; por ejp. cuando enlistas un directorio tu escribes DIR, pero si buscas en toda tu computadora el programa Dir.Exe no lo encuentras porque ese mando lo ejecuta el programa Command.Com cuando lo lee en la línea cuando lo pusiste
-Espero haber ayudado, si tienes duda pregunta, puede haber mejores respuestas-
