Si tienes el CD de windows 98 podes bootear (iniciar el pc) desde CD seleccionado desde el setup "BOOT CDROM" y formatear desde ahí, cuando el inicio del CD te pida como queres iniciar, dale con compatibilidad para cd rom. Con el comando Format c: formateas el disco.
Ahora bien, una vez que tenes formateado el disco volvé a iniciar desde CDROM y posicionandote en la unidad de CD que mas que seguro es E: ejecutas INSTALL o INSTALAR y ya arranca la instalación.
Cuando te pida reiniciar la primera vez la instalación de W98 vuelve a entrar en el SETUP y cambiá a BOOT HDD0 para que no se te repita el inicio desde CD.
Traté de hacertelo lo mas sencillo posible. Animate que no es tan complicado.
Suerte y Saludos.