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La cantidad de columnas (256) y la de filas (65536) no es caprichosa. Generan una matriz de 16777216 celdas, o sea 16384 Kb o más bien 16 Mb. Lo cual, lamentablemente para tu caso no es ampliable. Por otro lado disponés de 256 Hojas (para cada Libro) lo cual implica 4294967296 celdas. Teóricamente 4 Gb de info (difícilamente utilizables por cualquier PC de escritorio).
Bueno, conociendo el problema que enfrentas es mucho más fácil darle solucion. Si necesitan manejar mas de 65.000 filas, lo que puedes es trabajar con archivos de texto plano (un txt). Trabajas en excel, y exportas la informacion en archivos de texto, asi nunca sobrepasas el limite de excel y sigues trabajando con el. Si necesitas ampliar la idea, con gusto te colaboro.