Perl - perl y manifest.mf

Buenas, estoy intentando generar un script en perl que actualice el manifest.mf de un servidor de aplicaciones, internamente este fichero lleva caracteres especiales como ^M, exiten herramientas en java que lo hacen pero yo tengo que hacerlo en perl, he conseguido escribir el fichero identicamente igual comparado con otro pero no se trata de eso ya que a la vista parace un fichero de texto y no lo es, si alguien puede darme alguna pista, lo agradezco.
Un saludo

El ^M corresponde -normalmente- al caracter retorno de carro en msdos, o al final de línea en mac.
Si es eso, lo único que tienes que hacer es, en tu programa, cada vez que imprimas una línea de texto, además del "\n", ponerlo así: "\r\n". O al principio del programa, poner la variable $\ = "\r\n",
Si los finales de línea han de ser de tipo mac, entonces sólo debes imprimir "\r" como final de línea.
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