SQL - Servidores Vinculados lentos

Instalamos un nuevo servidor el cual ahora tiene windows 2003 con sql 2000 y tenemos el problema que a la hora de poner servidores vinculados a otro server con sql 2005 son demaciado lentas las consultas cosa que con el anterior servidor no sucedia y cuando hacemos consultas del sql 2005 a sql 2000 no da ningun problema con lentitud, ya revisamos si estaban bien los indices en las tablas y las estructuras y no presenta nada diferente a como lo teniamos antes. Alguien que me pueda aportar alguna idea ?? se los voy a agradecer infinitamente. Ah se me olvidaba comentar tambien que en el nuevo server el sql tiene sp4
Saludos