la respuesta es que te falto decirle al instalador que te agregue un enlace en el menu inicio si ves cuando le das click a tu proyecto de instalacion en la parte de arriba del explorador de soluciones(lo pongo asi pk el .net lo tengo en español creo que en ingles dice solution explorer) aparecen otros botones y uno de ellos dice editor del sistema de archivos le das clik ahi y a tu lado izquiedo se abre el editor mas a la izquierda aparece un icono de una pc y dice sistema de archivos en el equipo de destino debajo de este icono aparecen unas carpetas una que dice "carpeta de la aplicacion", carpeta del sistema, escritorio del usuario y menu programas del usuario como veras todo lo que pongas dentro de estas carpetas sera instalado dentro de la carpeta correspondiente en la pc donde vayas a instalar el programa por ejemplo:
carpeta de la aplicacion: aqui tendra que ir el exe te has fijado que cuando instalas un programa te pregunta donde quieres instalarlo? a bueno pues todo lo que pongas ahi sera instalado en esa ruta
carpeta del sistema: todo lo que pongas aqui sera puesto en la carpeta sistem32 normalmente aqui tienes que poner todas las dll que uses
escritorio del usuario: creo que es evidente que lo que pongas aqui se va a instalar en el escritorio(o sea donde aparece el papel tapiz o wallpaper)
menu programas del usuario: todo lo que pongas aki sera instalado en el menu de programas del boton inicio
bueno despues de esta introduccion vamos a lo bueno:
le das click derecho a donde dice carpeta de la aplicacion escoges la opcion de agregar y le das en resultados del proyecto te abre un cuadro de dialogo y escoges resultado principal y le das aceptar y veras que se agrego en la ventana del centro
despues le das click a la carpeta de menu programas del usuario y en la ventana del centro le das click derecho y le pones crear nuevo acceso directo te abre un cuadro de dialogo en el cual le das doble click a carpeta de la aplicacion escoges la que diga resultado principal de ... y le das aceptar y ya lo que resta es volver a generar tu proyecto de instalacion con esto quedaria contestada tu pregunta
