Hola
Tengo una duda respecto a tu duda. no se si lo que quieres es que el programa cuando se instale sconfigure automaticamente el inicio de windows para autoarrancarse o si eso lo tienes que hacer tu luego. Si es el primer caso lo he visto por ahi, tienes que modificar el registro pero no recuerdo donde. Si es lo segundo, que no creo pq es muy facil, piensa un poco y veras.
Hasta luego