Visual Basic - Problema con las tareas programadas

He realizado una serie de aplicaciones en VB6 que se dedican a obtener datos de una B.D. y generar ficheros de texto plano con ellos y viceversa, importando ficheros planos de texto dentro de la B.D. El caso es que funcionan correctamente si se ejecutan directamente, pero si se ejecutan mediante las tareas programadas de Windows se quedan paradas. La tarea programada consiste en la ejecución de un fichero .bat en el que se indican todas las aplicaciones a ejecutar. La tarea entra en ejecución pero se queda funcionando indefinidamente y en el administrador de tareas puede verse la aplicación concreta donde se ha parado.
Se ejecutan sobre un W2000 Server SP4. Alguién ha tenido problemas de este tipo con las tareas programadas ó puede sugerirme algo?
Gracias