Visual Basic - Registro

Se Puede especificar exactamente en que clave quieres guardar un registro en el registro de windows??

Desde luego no quieres usar "SaveSetting", porque siempre guarda los datos en una clave específica, entonces debes hacer uso de las Apis "RegSetValueEx" y "RegQueryValueEx", entre otras.
Si no sabes utilizar las APis puedes descargar un programa de información:
Entra a la página de AllApi
http://www.allapi.net/agnet/apiguide.shtml
y por medio del enlace "Download it now" (al final de la página) podrás descargarte el programa.