Saludos, Josu:
Este tipo de error es causado por algún programa que te modifica las instrucciones de inicio del sistema operativo. El Boot.ini, es un archivo de texto que le indica al pc desde dónde iniciar y buscar el sistema. Este archivo, por ser del sistema, se encuentra invisible y por lo tanto tendrás qué habilitar y volver visibles todos los archivos del sistema. Se encuentra en C. y debe tener el siguiente texto:
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
claro, puede haber alguna variación en timeout o en la cantidad de sistemas operativos que tengas instalados en tu pc. En mi caso, está el tiempo predeterminado para seleccionar sistema operativo; al igual, sólo aparece Windows 2000, porque es el único sistema operativo que tengo actualmente instalado en mi pc. Si tuviera 2 o más SO's, aparecerían en la lista.
Puedes revisar que el texto de Boot.ini de tu pc sea idéntico al que puse; si no apareciera, copia, pega, guarda y reinicia la pc. En caso de que no quieras hacer lo que te indico, tendrás qué reinstalar el Sistema Operativo.
Yo anduve cierta noche en el foro de hackers de esta página y encontré un post sobre un programa que conseguía el password de cuentas de hotmail; dicho programa se descargaba a través de un link a una página de store gratuíto. Al descargar el programa, lo abrí y noté que tenía un GUI aparentando buscar el password de una cuenta, pero en realidad entraba al DOS y borraba las órdenes del archivo Boot.ini. Este programa tenía un fallo: supuestamente debía aparecer un mensaje diciendo que ya no ibas a poder iniciar tu pc, pero nunca aparecía. Bueno, espero que no hayas caído en esa broma de mal gusto.
Espero que te sea útil mi ayuda.
Buen día =0)