Windows Server - Problema con RPC Win2003Server SP2 -conexion red

Estimados amigos, resulta que tengo un grave problema en la red de la empresa, sucede que hace algunos días se infectó con un virus conficker, este tipo de virus según los ingenieros de Mcafee, quienes revisaron el asunto, es un tipo de infección que ataca los servicios como las impresiones, la red, la internet, etc. Desde ese momento lo primero que hice fue evacuar el virus y a fe que con la ayuda de mcafee, lo logramos, sin embargo ahora quedaron los estragos y para corregirlos he tenido problemas serios. En la empresa tenemos un software aplicativo que es la columna vertebral de la empresa para todo, este software trabaja en red, y justamente la red se encuentra demasiado lenta, a veces funciona normal, pero en ocasiones y de manera muy frecuente se cae y pierde todo tipo de conexión al punto que se deben reiniciar las máquinas. Para solucionar esto se pensó en quitar las máquinas cliente del dominio y luego volverlas a unir, pero en ese momento se descubrio la gravedad del asunto, las máquinas que se bajaron, ya no se pudieron volver a unir al domino, pues aparece un error que dice QUE EL SERVIDOR RPC NO ESTA DISPONIBLE. desde entonces he buscado cualquier cantidad de ayudas para poder reestablecer mi red y que los usuarios puedan trabajar bien, pero no ha sido posible, por eso me atrevo a solicitar comedidamente la ayuda de ustedes...

Respecto a lo técnico les puedo comentar que dispongo de un servidor de dominio con windows 2003 server SP2, Isa Server 2006 (configurado con las reglas mínimas: virus, usuarios sin internet, internet, paginas prohibidas, FTP, VPN, DHCP1, DHCP2, DNS, RCP, RCP2, PING, LAN TO LAN, Trafico Dominio, Terminal, Accesso a Web). Desde que se tuvo el problema, la internet tampoco era posible en ninguna máquina ni siquiera en el servidor, asi que tuve que echar mano de un programita FREEPROXY, para tener conexion en todos los equipos y ha funcionado. La red es de 20 terminales de las cuales cinco son WINDOWS VISTA BUSSINES Y las demas WINDOWS XP PROFESSIONAL.

Por favor necesito ayuda urgente, la opción de formatear el servidor, aunque podría ser lo mas radical, me deja sin argumentos, pues no tengo mucha experiencia para volver a montar todo y que quede funcionando bien, si existiera alguna herramienta o aplicación de corrección para ese asunto de RCP...ah y lo que me da mas piedra es que no existen backups. HELPME!!!

Me tiene pinta que aun te quedan restos del conficker.

Yo este problema lo vi hace 7 meses con lo cual no se si sigue siendo valido para las mutaciones posteriores, pero te dejo la entrada:
http://ktaworld.blogspot.com/2009/01/virus-conficker-w32downadup.html

Muchas gracias KTA, lei el articulo, quiza tengas razón y aún me queden vestigios del virus, asi que voy a correr la herramienta que sugiere SYMANTEC, a ver que pasa, sin embargo sigo atento a cualquier otra ayuda, para dar solución definitiva al problema...