Windows Server - Cuelgo consola msdos en Windows 2003 Server

Tengo un SBS 2003 instalado y necesito ejecutar la consola de msdos para el traspaso de informacion entre varios pcs. El proceso, en principio funciona perfectamente, pero cuando pasan algunas horas e incluso más de un día, en algunas ocasiones , la consola de msdos se cuelga y el proceso deja de funcionar. Además de dicho cuelgue, es imposible terminar este proceso y me veo obligado a apagar el servidor "de botón". También dejan de funcionar algunos servicios del sistema.

Mis cuestiones son las siguientes ¿como podría evitar estos cuelgues?, la maquina está correctamente ya que sin ejecutar este proceso el sistema funciona perfectamente. ¿Cómo podría cancelar el proceso sin tener que apagar el sistema "por lo sano"? ¿Aumentando algún buffer o variable de entorno?

Ruego constestación ya que me es imprescindible la ejecución de este proceso y me está causando verdaderos quebraderos de cabeza.

Gracias de antemano.