AJAX - Problema recarga variables al usar ajax

Hola, expongo mi problema a ver si alguien pudiera ayudarme:

Tengo una capa (div) en la que mediante ajax cargo una serie de checkbox los cuales manejo con un par de funciones javascript.

El problema surge cuando, una vez cargados, mediante ajax cambio el contenido de la capa y cuando vuelvo a cargar la de los checkbox ya no me pilla las variables, es decir, no puedo ponerlos en checked con una funcion javascript.

Es como si no cogiera de nuevo las variables, agradeceria encarecidamente alguna respuesta que pudiera solucionarme el problema.

Gracias.

Una vez me digeron, que cargara multiples capas, una encima de otra, haciendolas invisibles, mañana te digo el resto me debo ir