mira la respuesta en este foro http://forums.asp.net/p/1372202/2872030.aspx. Dice que al borrar un directorio de la aplicacion con el estado de session inproc (que se pone en el web.config ) ocasiona que la aplicacion se recicle (se vuelve a iniciar). En realidad tenia entendido que esto pasaba cuando se eliminaban archivos como el web.config, o se modificaban archivos dentro de la carpeta bin o app_code, por eso te pregunte si era una carpeta de la aplicacion, pero segun dicen en el foro, el borrar un directorio que este dentro de la aplicacion ocasiona este comportamiento.