Primero tienes que saber que hay un cambio muy importante con Crystal y Net. La version que trae incluida en Net es la 9.0, ya no la 8.0 y seguramente te diste cuenta cuando te informo de que el reporte seria migrado a la nueva version de crystal.
A partir de la version 9.0 de Crystal ya no es posible modificar el SQL origen del reporte. (Bueno a menos que le rebusques y te aferres en hacerlo asi). Esto se debe a que ya no se debe, si, no se debe de modifcar el SQL, pues para eso ya tenemos un asistente de base de datos que nos permite agregar tablas, que genera autmaticamente las relaciones tomando en cuenta el schema de tu base de datos. Si necestias modificar o cambiar las relaciones, pueden hacerlo de forma manual, en caso de que por alguna razon CR90 no haya detectado correctamente las mismas.
Por lo general antes de modificaba el SQL para poder agregar las condiciones de la clausula Where, ordenamientos, funciones agregadas y de agrupapiento, pero para eso Crystal ya es muy bueno, solo hay se saber hacerlo desde las misma opciones y funciones que integran a Crystal.
Si necesitas cambiar de forma dinamica la condicion where desde tu aplicacion solo usa la propiedad: ReplaceSeleccionFormula, si es que guardaste el reporte con una condicion de seleccion de registros, en caso contrario usa: Seleccion formula. Esto tambien es muy util si solo deseas agragar mas condiciones de filtrado de registros al reporte que ya tiene uno o mas filtros. En fin, tienes que revisar la aydua del programador de que viene en el CD Crystal, para mas detalles. (ojo esta ayuda no se instala automaticamente con CR90, lo bueno cuesta...). Todo lo que haces en modo diseño, se puede hacer por codigo. como ordenamientos dinamicos, nuevos grupos. cambiar la condicion de un grupo, eliminar un grupo. opciones de impresion, etc.
si me es posible te enviare un ejemplo de VB.Net con un reporte RPT para que puedas probarlo.