Arduino - ¿Cómo programar un timbre de colegio desde una interface guardando los cambios de horario en Arduino

Cordial saludo,
Estoy haciendo un proyecto de un timbre automatizado para colegio, ya contamos con la parte electrónica, funciona perfectamente. El problema es que para programar los horarios lo debemos hacer desde código fuente, lo cual presenta el inconveniente de que un usuario cualquiera se puede cargar la programación. La idea es implementar una interface que sea fácil de usar por un el usuario sin necesidad de tocar el código fuente del programa. He realizado pruebas iniciales con processing haciendo una interface donde yo pulse una variable desde teclado y me encienda un led, el problema es que mientras tenga conectado la placa Arduino al pc funciona pero una vez lo desconecto se pierde la información. Lo mismo he hecho con un programa hecho en java pero sucede lo mismo. He consultado que el Arduino tiene una memoria eeprom que almacena los datos en el microprocesador pero su uso es limitado dejando al Arduino sin funcionalidad. Por favor me podrían colaborar con esta situación. Muchas gracias.