Los archivos OBJ, se producen luego de una compilación, pues lo que hace el programa es compilar cada módulo por separado y luego unirlos por medio de un linker. Esos archivos son los OBJ.
En cuanto a si los puedes borar, puedo decirte que claro, pero cuando el programa vaya a necesitar el archivo objeto no lo va a encontrar y tendrá que recompilar de nuevo ese módulo.
Espero que te sirva esta info. Me escribes si es así.