CSS - Problemas con el css de menu navegacion

Tengo un menú de navegación con submenús hecho con bootstrap y aplicando mis propias clases los cuales despliego con jquery. La cosa es que en el index.html me va a la perfección (Adjunto la primera foto).
Pero cuando me voy a otra pagina que no sea index, todo el jquery para desplegar me lo hace bien pero los estilos de las subpaginas no me los coge (Adjunto segunda foto).

Se puede ver como en la vista previa dinámica de brackets me marca los submenús (lineas en azul) pero no me aplica los estilos. Las rutas son las mismas que tengo puestas en el index, he probado a poner otras distintas y nada, me sigue pasando lo mismo. ¿Se os ocurre de qué puede ser?

Muchas gracias!!

Si usas al 100% jquery, este en esencia se apodera de tu pagina y cambia nombres de etiquetas y la herencia de classes propias nunca las tomara.
Te recomiendo ocupar un menu como pluggin para que el js del pluggin se encargue de que el jquery solo afecte esos elementos.
http://www.jqueryrain.com/example/jquery-menu-example/