Entra en el programa, selecciona la cuenta de correo que quieras y en la derecha pulsa 'Ver configuración de esta cuenta'. Te saldrá una ventana con el título: 'Configuración de la cuenta'.
En la parte derecha tienes una lista de todas las cuentas de correo que has configurado en el programa. Sitúate en 'Configuración del servidor' de una de ellas, la que te da problemas, y en la parte derecha se te abrirá un formulario de opciones.
En estas opciones pulsa 'Avanzadas', verás que sale una ventana con el título 'Configuración avanzada de cuentas' pulsa la opción 'Bandeja de entrada para la cuenta de este servidor'. Pulsa luego el botón 'Aceptar' de esta ventana y el botón 'Aceptar' de la otra ventana: 'Configuración de cuenta'. Con esta opción le estás diciendo al programa que los mensajes que le lleguen los meta en la bandeja de entrada de la cuenta a la pertenece.
Haz lo mismo con las otras cuentas de correo que tienes configuradas en Thumderbird.
Por último, para estar más seguro de que va a funcionar, cierra el programa y vuelve a abrirlo antes de Recibir nuevos mensajes.
