En el código de Dreamweaver o el editor de tu preferencia, dentro de las propiedades de l objeto de flash copia este código y el fondo será transparente
<param name="wmode" value="transparent" />
Ahora, que si lo que quieres es que sea transparente para efectos en la película, lo que debes hacer es alterar la opción Alpha que se encuentra en las propiedades de los Movie Clips =)