Pues hasta donde sé, no se puede. El fichero SWF es un objeto insertado y los objetos siempre estan por encima de textos e imágenes; sucede lo mismo con las imágenes de fondo, si te fijas, el fichero cubre su respectivo espacio aun a pesar de que este no se haya cargado.
Porque no usas los frameset, en tales circunstancias son de gran ayuda. O espera otra opinion