En la configuración de Publicación viene una opción de comprimir el .SWF (desde flash 7 en adelante) es todo lo que puede hacer. Normalmente lo que se debería hacer es comprimir "TU VIDEO" con un buen codec en alguno de los programas de video: Premier o Final Cut u otro, antes de importar a Flash (con el tamaño exacto que vas a utilizar en flash).
En la Publicación también puedes comprimir el audio bajando los Bit y los Khz.
Y tambié depende de los quieras hacer puedes exportar tu pelicula como Quicktime o Avi.
En Quicktime Lo unico que se comprime es el audio y se pueden manejar algunos parametros com Alpha y Capas. El audio se comprime a través de Quicktime.
En AVI, en el Formato de Video puedes modificar colores, de 8 a 32 Bit y el audio en Khz
Mono o stereo 8 ó 16 bit en 22Khz ó 44Khz, eso puede bajar considerablemente el tamaño de tu pelicula final.
Para los audio te recomiendo trabajar con .mp3 (128 Kbps) lo puedes hacer con Sound Forge (Programa de conversión y compresión de audio)...bueno hace muchas otras cosas más pero no viene al cuento.
Y por último puedes trabajar con el video en archivos externo y llamarlo cuando lo necesites.