Hola Jose:
Para mi no hay ningun problema en regenerar de vez en cuando los indices, eso si, tienes que sacar a todos los usuaios que esten utilizando tus tablas ya te recomiendo que habras las tablas en forma exclusiva.
La manera correcta de borrar los indices es con: Delete Tag, busca en la Ayuda del VFP para mayor informacion.
Yo particularmente no los Borro, simplemente le digo Index On...., ya que el creara el indice nuevamente.
Otro concejo, aprobecha cuando vallas a hacer los Indices nuevamente de hacer antes un Pack de la tabla.
Otra cosa, no se te olvide hacer un respaldo antes.
Prueba y me cuentas.
Saludos