Tu problema no es de temperaturas.
Nunca está de mas mantener limpia una CPU, y el mantenimiento que le has realizado es algo que deberíamos hacer al menos una vez al año.
Pero los problemas de temperatura dan otros errores.
Si un micro se colapsa por temperatura (alrededor de 120 ºC en el núcleo) el equipo se cuelga, y o bien te da un pantallazo azul o se congela la pantalla.
Cuando el micro llega al 100% de capacidad de proceso, es porque está realizando muchas tareas a la vez. ¿Realmente las necesitas todas?
Si, bien, eso lo calienta, pero dentro de sus parámetros de funcionamiento. Un micro se testea en fábrica a 80 ºC, y se le realiza un Burn-in en un ambiente de 150 ºC.
No creo que sea eso lo que te ocurre.
Ahora bien, las nuevas versiones de Linux son demasiado "microsoferas".
Ya nadie mira por los recursos del sistema. Y eso lo notan los equipos viejos.
Hace unos días instalé Xubuntu en un portátil que originalmente venía con Vista Basic, pero que ya no respondía, y va como un tiro.
Creo que, con 1 GB de RAM, deberías probarlo en modo Live CD.
Lista los procesos que corre tu equipo ahora, y los que corre con una Live como Xubuntu, y verás la diferencia. Seguro que hay mucha paja consumiendo recursos innecesariamente.