Interesante tu propuesta pero evidentemente sabes poco de estructuras lógicas de disco, tu solución no hace nada mas que machacar el espacio libre que queda en el disco pero te olvidas que lo estas haciendo a nivel de sistema de archivo, es decir a alto nivel :).
Te cuento cómo es el asunto con los discos rígidos. El disco por sí mismo no entiende de sistemas de archivos, solo entiende de pistas sectores y cabezas y todos los sistemas operativos deben ordenarle al disco leer en direcciones dadas por cabeza/pista/sector, ahora bien, con las cabezas no hay mucho misterio pues son fisicas el problema son las pistas y los sectores, el disco debe saber cuántas pistas tiene y cada cuantos sectores está dividida cada pista, esto se determina tomando en cuenta la capacidad total del disco, el formateo a bajo nivel lo que hace es volver a marcar las pistas y dividirlas en sectores. Cuantas pistas por pulgada y cada cuanto se fracciona cada pista está determinado de fabrica y aunque cuando se termina de fabricar un disco este no tiene ningún formato todo disco tiene grabado de fabrica esos datos en sus circuitos (se llama firmware), el programa de formateo a bajo nivel plasma en el disco ese formato escribiendo las pistas y sectores, esto, obviamente destruye todo rastro de información que haya en él, incluyendo el sistema de archivos, información sobre las particiones y sectores de booteo. Los discos LBA vienen formateados a bajo nivel desde la fabrica y solo ellos pueden hacerlo, para apegarme a la verdad diré que esos programas que dicen ser "formateadores a bajo nivel" no son tal cuando se les aplica a un disco LBA, solo se limitan a reescribir los sectores que, para todos los casos practicos, es lo mismo que formatear a bajo nivel desde el punto de vista del usuario, digamos que hacen un formateo de nivel medio.
Luego de esto hay que darle estructura lógica, allí intervienen programas como el FDISK de DOS/Windows/Linux que establecen las particiones y/o sector de arranque, una vez hecho esto programas como el Format construyen el sistema de archivo que puede (y en la mayoría de los casos es así) no coincidir con el formato fisico del disco.