Reinicia la computadora en modo MS-DOS, o reseteala y antes de que entre a Windows presiona F8 para que aparesca el menu de inicio, y de ahi selecciona Solo Simbolo del Sistema, de esta forma solo entrara en MS-DOS.
Ya estando ahi aplica el comando FORMAT C: /S, con esto se formateara el disco, despues carga el controlador de la unidad de CD-ROM, inserta el CD de Windows, y listo, comienza a instalarlo siguiendo las instrucciones en pantalla.