En realidad el IDE secundario es para conectar lo que tu quieras un CD-ROM, otro Disco Duro, etc. Verifica que el "jumper" del CD-ROM este puesto en "MASTER", como no se si sabes de que te hablo, el "jumper" es una pequeña pieza de plastico que une una par de contactos en la parte posterior de la unidad de CD-ROM, de hecho los discos duros y DVD tambien lo tienen, en una de las cubiertas de tu CD-ROM deberia aparecer un dibujo que te indica Donde colocar exactamente el "jumper" para lo que tu necesitas, en todo caso tiene solo tres posiciones. Maestro, Esclavo y Cable. Espero que solo ese sea el problema y nada mas complicado.
Salu2
F.