Java - Problemas al crear un jar

Escribo porque nos surgio un problema al crear el jar de nuestro proyecto. Estamos usando Eclipse con el plugin FatJar. el problema que tenemos es que, el jar se crea de 10, dentro del directorio del proyecto y al ejecutarlo anda bien, pero si lo movemos a otro directorio no anda, cuando en teoria tendria que andar, ya que lo hicimos para que funcionara en cualquier directorio. La division del proyecto es, funciona en red, usamos RMI, costa de 3 paquetes cliente, comun y servidor. Ademas utilizamos un archivo .ini, en el cual indicamos la configuracion del proyecto. el tema es que dentro de ese .ini hay una variable classPath=classes/, que hace referencia a la carpeta classes. Cuando movemos el jar de directorio, llevamos los archivos necesarios para que funcione, hasta la carpeta classes, pero no hay caso, sigue sin andar.
Saludos y espero me puedan ayudar.