Buenas:
Pues igual que programas la aplicion no?
Es decir, tendras que tener en el servidor algo asi como un cms o algo que tenga productos y se puedan agregar al carrito esos productos. Luego el usuario compra y paga. Seguro que en cms como Prestashop o Magento hay opciones a las que te puedes conectar a ellos mostrar los productos y luego hacer el proceso de compra sin tener que pasar por la web. El tema es que en la app (android, iOS, windows o phonegap y parecidos...) tendras que enseñar eso depende de como estes haciendo el juego.
Exactamente sobre que estas programando tu juego.
Me has hecho preguntarme ahora si existen tiendas virtuales para comprar articulos dentro de juegos que vengan con alguna api.....
Espero que te sirva de algo.
Saludos.