JavaScript - Validación formulario de reserva

if (document.getElementById("select1").selectedIndex==document.getElementById("select2").selectedIndex) {

    alert("Son iguales");

}

<tr>

    <td><label>Origen:</label></td>

    <td><select name="origen" id="origen">

      <option value="">Elige una opción</option>

      <option value="origen1">Armenia</option>

      <option value="origen2">Bogotá</option>

      <option value="origen3">Cali</option>

    </select>

    <label id="mensaje_origen"

      class="obligatorio"></label></td>

    <td><label>Destino:</label></td>

    <td><select name="destino" id="destino">

    <option value="">Elige una opción</option>

    <option value="destino1">Armenia</option>

    <option value="destino2">Bogotá</option>

    <option value="destino3">Cali</option>

    </select>

    <label id="mensaje_destino"

      class="obligatorio"></label></td>

</tr>

if (document.getElementById("origen").selectedIndex==document.getElementById("destino").selectedIndex)

{

    alert("El origen no puede ser igual al destino");

}

<select name="destino" id="destino" onchange="validar()">

function validar(){

  let origen = $("#origen").prop('selectedIndex');

  let destino = $("#destino").prop('selectedIndex')

  if(origen != 0 && destino != 0){

  	if(origen == destino){

    	alert("El origen no puede ser igual al destino");

    }

  }

}