JavaScript - Urgente! (alto y ancho ventanas)

Hola, tengo un problema...utilizo un código que verifica la resolución de la pantalla del cliente y en base a eso mando a abrir una ventana de 800*600 u otras, el tema es que esos valores son en pixels y me anulan la barra de herramienta inferior porque cubre todo, no existe manera de manejarse con porcentajes?
Gracias.