JavaScript - algo similar al alert

Hola, tengo un problema con el alert, al hacer el recorrido de un for y al entrar a una validacion mando llamar a otra funcion que hace la operacion que quiero, pero solo me hace todo el recorrido si le pongo un alert dentro de la parte verdadera de la funcion, si lo quito solo hace la primera vez y las demas veces las ignora, lo raro es que si entra a la validacion y lo hace correcto, pero como que el tiempo de ejecucion es muy rapido y no le permite terminar lo demas,. ya intente poner un SetInterval, y un setTimeout pero no funciona, solo con el alert,como puedo similar un alert pero sin que le aparezca al usuario???