JavaScript - Interactuar JavaScript con PHP

Buenos días,

Quisiera interactuar PHP con JavaScript pero no se como conseguirlo.

Por un lado tengo este codigo en PHP:

if (isset($_POST["Eliminar"])){
if (isset($_POST['sclaves'])){
$sclaves = $_POST['sclaves'];
$co = count($sclaves);
$x=0;
while ($x < $co){
$reten = mysql_query("DELETE from trabajos where peticion='$sclaves[$x]'" ,$conexion) or die("La consulta falló: " . mysql_error());
$x ++;
}
}
}

Por otro lado este de JavaScript:

<script>
if (confirm('¿Desea continuar?')) {
}
else{
}
</script>


Y quisiera unir ambos.. algo como esto...

if (isset($_POST["Eliminar"])){
if (isset($_POST['sclaves']))
{ ?>
<script>
if (confirm('¿Desea continuar?')) {
<? $sclaves = $_POST['sclaves'];
$co = count($sclaves);
$x=0;
while ($x < $co){
$reten = mysql_query("DELETE from trabajos where peticion='$sclaves[$x]'" ,$conexion) or die("La consulta falló: " . mysql_error());
$x ++;
} ?>
}
else
{
<? echo "NO QUIERE CONTINUAR"; ?>
}
</script>
<?
}
}

Gracias por vuestra ayuda,

Un saludo