JavaScript - problemas con popup

Hola. Actualmente estoy utilizando tinymce como gestor de documetos. Pues bien, he diseñado mi propio script para manejar las imágenes y subir ficheros y demás, lo he habilitado en tinymce, lo en enlazado y todo funciona perfectamente. La forma de enlazar es abrir un popup.

El problema que tengo es que tinymce se encuentra en la web A y el manejador de ficheros en la web B. Entre otras cosas, el manejador de ficheros te permite seleccionar un fichero para que se grabe en el tinymce. Pues bien, al estar en distintas webs si yo hago un window.opener.document.getElementById('src').value=.... javascript me da un error de permiso denegado. ¿Alguien sabe algo al respecto? ¿Alguien sabe alguna solución?

Saludos y gracias por adelantado