miguel,
Puede ser que tengas que modificar algun dato en las preferencias de replicacion, porque al perecer, los documentos que eliminas de tu casilla, no se estan eliminando del servidor, entonces al replicar vuelven a aparecer (estoy suponiendo que es ese el problema).
Para verificarlo, abre tu casilla de correo y ve a archivo\replicacion\parametros.
Ahi tienen opciones para decir si solo envia o recibes documentos del servidor, si envias o no las eliminaciones, etc.
Saludos