Matlab - Pasar codigo BSFO de Matlab a Java

Buen dia estoy desarrollando mi tesis de grado que consiste en el area de Inteligencia de Enjambres pues tengo un codigo de optimizacion de bacterias (BSFO) y tengo que pasarlo a java para una aplicacion en una pagina que estoy diseñando que hace parte del proyecto. Resulta que llevo 3 semanas en lo mismo punto con los mismos errores tengo problemas con el manejo de las variables de este codigo (ya que maneja matrices de 5 dimensiones y obviamente en matlab en una sola linea de codigo puedo hacer lo que en java puede hacerse en 6 a 10 lineas de codigo, ademas que el manejo de matrices es mucho mas sensillo en matlab) y no quiero perder mas tiempo vital con esto que es necesario para avanzar pero no es una parte vital de este, ya he pasado satisfactoriamente los codigos ACO (optimizacion por colonia de hormigas) y PSO (Optimizacion por enjambres de particulas).
El codigo lo pueden encontrar en http://www.mathworks.com/matlabcentral/fx_files/20232/1/content/BG-PSO/html/BG_PSO.html, he leido que se puede alargar mas este codigo para simplificar el manejo de variables pero no lo he encontrado

Agradezco cualquier ayuda

pues mira yo te recomiendo que realices métodos de java que realicen funcionalidades de matlab de matrices.

la otra es que llames a metodos de matlab desde java
o metodos java desde matlab..

No es tarea facil. pero es de momento una solucion si deseas una interfaz gráfica.

No es gran ayuda; pero ojala te oriente de alguna manera...

la otra es un clase que implementan

Manejo de matrices en java con UJMP

no se decirte mucho de esto pero no estaria mal perder un dia o dos tal ves pueda ayudarte