tienes que ser mas especifico de que es lo que hace tu programa y que instrucciones tienes, yo pienso que el problema no es que no abra el archivo m; mas bien es que ya no reconoce ciertas instrucciones ya que algunas ya son obsoletas o bien cambiaron de sintaxis o cambiaron de nombre para la version 6 de matlab.
entonces abre el archivo m en el editor/debbuger de matlab y corre el programa, despues en el command window te deben de aparecer los errores que tiene el programa y hasta te dice en que linea esta el error, entonces puede ser que sea alguna instruccion que ya no reconozca.
cuando pones en el command window:
>>help instruccion_X
y si es que ya es obsoleta esa instruccion, el mismo matlab te dice a que instruccion cambio o si de plano ya no existe
