Matlab - Lentitud al simular detector de bordes

Buenas. Esoty haciendo un detector de bordes en matlab mediante una red de neuronas backpropagation (perceptron multicapa). Ya tengo el sistema entrenado. Mi duda es que a la hora de simularlo para detectar bordes en una imagen tarda un riñon. Y no deberia tardar tanto. Lo que hago para simular es esto

for i = 1:1:size(pruebax)-dimension %recorre la imagen
for j=1:1:size(pruebax)-dimension
pos=0;
for k=0:dimension-1
for m=0:dimension-1;
pos=pos+1;
cuadrado(pos,1) = pruebax(i+k,j+m);
end
end
final(i+floor(dimension/2),j+floor(dimension/2))=sim(red,cuadrado);
end
end

Notas: Lo que hace es cojer una ventana dimension*dimension y metersela al perceptron para que diga si es borde o no en el punto central de la imagen de salida.

Me dijeron que tardaba por que las matrices crecian dentro dfel bucle, pero ya las he definido antes con zeros() y sigue tardando un monton. Si alguien pudiera echarme una mano estaría gradecido ^^.