¿Qué es una aplicación externa en este caso? Hay muchas cosas que se pueden hacer con MATLAB.
MATLAB puede enviar y recibir datos por los puertos serie y paralelo.
MATLAB puede enviar y recibir datos de bases de datos como Access, SQL Server, MySQL, etc.
MATLAB puede enviar y recibir datos de otros programas como Excel, bloc de notas, etc.
Con MATLAB es posible ordenar que se abran otros programas como los del paquete de Office, Acrobat Reader, bloc de notas, explorador de internet, etc.
MATLAB puede operar en conjunto con otros programas creados en lenguajes como C/C++, Basic, Java, etc.
Yo he trabajado con todas las que acabo de mencionar, excepto con los puertos y otros lenguajes de programación. Sin embargo hay mucha información disponible en el help de MATLAB, y si quieren más entonces hay una web llamada MATLAB Central donde está la información y además hay programas creados por usuarios que pueden usar como referencia para tomar ideas.
http://www.mathworks.com/matlabcentral/