MySQL - Bases en distintos directorios

Hola, soy nueva en mysql.... Mi consulta es la siguiente: trabajo con mysql 5.0 bajo windows, y necesito definir dos ubicaciones de bases de datos (por default todo se ubica en la capeta c:\archivos de programa\mysql....\data). Yo necesito que una base se grabe en esa ubicacion y otra en un disco externo. Lo que hice fue definir dos "servicios", el original con my.ini y otro con un archivo otro.ini, el cual tiene una seccion mysql con el puerto 3307 y una seccion mysqld, tambien con ese puerto y la direccion nueva de la base de datos. Luego levanto los dos servicios, y dependiendo del puerto de conexion, entro a una o a otra. Esta bien esto? o existe otra forma de hacerlo? Gracias