MySQL - restaurar sistema a unos días antes y mysql

Hola amigos. Me pasó en un par de oportunidades que al restaurar sistema de windows a unos dias antes, también volvió los datos de la base Mysql a la fecha de restauración.
Hoy me encuentro que un cliente (no se como) borró una base de datos. Se me ocurrío antes de usar el último backup, restaurar el windows a unos dias atras y me volvió a traer la base de datos de Mysql a esa fecha.
Siempre di por entendido que el "restaurar sistema" no tocaba los archivos de datos.
Alguien tiene una explicación a esto???
Gracias

Supongo que dependerá de la carpeta donde estén instalados la base de datos. Si se deja la instalación por defecto y se instala en el disco C, es más que probable que la restauración deje los archivos de la base de datos a la fecha de la copia.

A mí me ocurre con los fuentes, que deben estar en el disco C. Cuando necesito efectuar una restauración, siempre hago una copia previa de estos fuentes porque puedo comprobar que los archivos se han cambiado (los ejecutables vuelven a la fecha de la copia, por ejemplo)

Es por eso que siempre tengo una partición en el disco y los datos o documentos importantes los instalo en el disco D, así como las bases de datos. De esta forma, si restauro el sistema sólo afecta al contenido del disco C y los datos no sufren.

Si, no lo había pensado. Uso en algunas ocasiones APPSERV que guarda las bases mysql en su propia carpeta y en otro sistema uso mysql que se instala en "program files". Es en este último caso que sucede el problema. Siguiendo tu recomendación ayer cambíe de carpeta y partición de disco la carpeta datos de mysql y modifiqué el my.ini, funcionando luego perfecto.
Gracias por el aporte