Distinguido esto es lo que dice el manual de referencia de MySQL Server fuente indiscutible de sabiduría sobre este tema.
Y aun que se que puede que ya tengas la respuesta correcta por el tiempo que ha pasado, respondo a modo de seguimiento y cierre del tema pues a mi también se me ha planteado esta pregunta.
Cito al manual de referencia:
En MySQL 5.0, usando el motor de almacenamiento MyISAM, el máximo tamaño de las tablas es de 65536 terabytes (256 ^ 7 - 1 bytes). Por lo tanto, el tamaño efectivo máximo para las bases de datos en MySQL usualmente los determinan los límites de tamaño de ficheros del sistema operativo, y no por límites internos de MySQL.
El motor de almacenamiento InnoDB mantiene las tablas en un espacio que puede ser creado a partir de varios ficheros. Esto permite que una tabla supere el tamaño máximo individual de un fichero. Este espacio puede incluir particiones de disco, lo que permite tablas extremadamente grandes. El tamaño máximo del espacio de tablas es 64TB.
Sistema operativo Tamaño máximo de fichero
Linux 2.2-Intel 32-bit 2GB (LFS: 4GB)
Linux 2.4 (usando sistema de ficheros ext3) 4TB
Solaris 9/10 16TB
Sistema de ficheros NetWare w/NSS 8TB
win32 w/ FAT/FAT32 2GB/4GB
win32 w/ NTFS 2TB (posiblemente mayor)
MacOS X w/ HFS+ 2TB
fuente bibliografica:
http://ftp.tcrc.edu.tw/MySQL/doc/refman/5.0/es/table-size.html