Sí se puede, y los que dicen que no también tienen razón, lo que ocurre es que hay que condicionar la respuesta.
Las tablas del tipo InnoDB sí pueden ser relacionadas, sé que eso se solucionó en la versión 4 para arriba, por eso te aconsejo que bajés la versión más reciente y que no sea beta.
Puedes usar el MySQL Administrator que lo puedes bajar del mismo sitio de MySQL ya viene para relacionar tablas.