PHP - Problemas con web (php)

Hola a todos. Creo que el problema tiene relación con php...
Estoy liado en unas modificaciones en un website y tengo un problema aparentemente tonto pero no encuentro la solución.
El tema es el siguiente:
Tengo una aplicación basada en php y está subida y correctamente configurada en:
[b]http://www.miwebsite.com/aplicacion[/b]
Cuando accedo allí debería mostrar el index.php ya que así lo he indicado en el .htaccess:
[code]DirectoryIndex index.php

<FilesMatch ".(php|inc)$">
Order allow,deny
deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "(index.php|dl.php|ut.php|lt.php|download.php)$">
Order allow,deny
allow from all
</FilesMatch>
#php_flag magic_quotes_gpc on[/code]
Pero en vez de mostrar el index.php me muestra el contenido de dicho directorio (Directory Listing).
Tengo que forzar la URL indicando index.php al final: [b]http://www.miwebsite.com/aplicacion/index.php[/b], pero esto no me interesa ya que afecta a más cosas.

Y creo que por culpa de esto también pasa esto:
Cuando entro en la aplicación (escribiendo manualmente index.php) todos los links que contiene el panel de control de la misma no funcionan y te llevan otra vez al Directory Listing.
Un ejemplo. Un link del tipo: [b]http://www.miwebsite.com/estatico/aplicacion/?page=users[/b] me muestra el directory listing.
Si manualmente escribo "index.php" entre la "/" y el "?" de manera que la url queda así: [b]http://www.miwebsite.com/estatico/aplicacion/index.php?page=users[/b] luego si que va donde debería.

Comentar que localmente me funciona bien...

Vaya tochaco [+risas] Cualquier ayuda es bienvenida