PHP - Error en la conexion con la base de datos

Muy Buenos Dias,
Tengo una aplicacion en un servidor en donde se le corre un cron job (tarea programada) cada cierto tiempo. El problema que tengo es q' cuando se ejecuta el proceso automatico despues de un tiempo se genera el siguiente error: MySQL server has gone away.
He buscado algo del tema en internet pero son muy especificos al servidor, por lo q' acudo al foro con la posibilidad de encontrar una solucion desde el desarrollo.
Le agradeceria cualquier indicacion.
Muchas Gracias.

Ese error lo marca cuando el servidor MySQL no esta prendido o tarda mucho en responder.

Entra al servidor donde esta el MySQL y dale un mysqld status

Saludos