Hola,
En mi opinión con respecto a que Microsoft esta fuera de lo que es un estandar en Internet pues no es verdad, si habalmos de calidad de productos, el ambiente .NET es muy bueno, dado que ahora más que nunca se esta apegando a estandares abiertos (xml, soap, etc.).
.NET FrameWork no viene nativo con los sistemas operativos (por ahora), pero no por eso nos genera gasto alguno, ya que se puede descargar gratituamente, incluso microsoft ya saco un IDE muy potente para desarrollar paginas ASP.NET (Web Matrix) completamente gratis. Claro el Windows sigue siendo un gasto muy elevado.
Al igual que Joe Black, te recomiendo que pruebes las dos opciones y tu decidas en que quieres desarrollar. Por cierto en ASP.NET tu tienes libertad del lenguaje de programación a utilizar(C#, VB.NET), asi tu elijes cual se te hace mas sencillo.