PHP - Mostrar opciones de menú dependiendo del usuario que ingresa.

Saludos al grupo. No prometo ser breve porque nunca lo soy, pero vamos a ver qué tal me sale. He ideado un pequeño menú, basado en lo que se comparte en la web sobre menúes dinámicos los traigo desde la base de datos. Mi interés es que se pueda filtrar dichos menúes dependiendo de qué usuario ingrese. Aquí no se trataría de si el usuario es administrador, privilegiado, normal o invitado; sino que el usuario tendrá su un id de 6-7 cifras, y de ahí pueda ver ciertas opciones de menú. Son 5 menúes (sin contar el de inicio), y cada uno tiene 3 ó 4 submenúes. Lo que se me ocurre es que se guarden en una tabla aparte con las columnas id_user, id_menu, id_submenu; pero no me parece funcionar de la forma esperada, porque sí trae los menús filtrados, pero carga todos los submenúes. Me gustaría que me fuesen dando luces sobre esto (y si necesitan el código para ir comparando pues no hay problema).

Hola Miguel, entiendo tu problemática, pero necesitaríamos ver el código para poder ayudarte...